El clima es templado. Durante el invierno la temperatura mínima promedio es de 3 grados y máximas de 12 grados. Las precipitaciones son distribuidas en forma irregular y en distintas ocasiones el pueblo atravesó grandes problemas climáticos. En el año 1999 una sequía afectó la zona durante la temporada de verano, provocando la pérdida de ganado, incendios de campos y obstaculizando el trabajo agrícola. Las consecuencias de esto se sintieron durante el año siguiente presentándose un bajo nivel de cosechas y de parición del ganado. Luego de esta problemática, durante el proceso de recuperación económica de la población, en el año 2001 sucedieron abundantes lluvias que perjudicaron la cosecha de soja y arroz. Respecto al relieve de la zona, el pueblo está localizado en una llanura con ondulaciones que forman parte de la Lomada o Cuchilla Grande.
Respecto a la flora y fauna existente en Colonia Hoker, se encuentran una gran cantidad de especies nativas. Algunas de éstas se encuentran en estado de degradación, principalmente la fauna, debido a los productos de fumigación implementados.
La flora está compuesta por los siguientes árboles: espinillo, especie de árbol de mayor abundancia en la zona; moras; ñanduva, la cual utilizada como leña; paraíso; palmeras; álamos; ceibo, ubicado principalmente en las costas bajas; gualeguay; cinacina; sauce. Dentro de las especies de pastizales, es nativo de la zona la carqueja y la chilca. La palmera yatay está declarada como especie de protección nacional.
En cuanto a la fauna local, en Colonia Hoker se encuentran las siguientes especies: zorrito; comadreja; zorrino; lagarto; vizcacha; jabalí; liebre; yarará; sapos; cururú; nutrias; cuis. Loros; torcaza; chimango; gorrón; cuervo; paloma; carpincho; morena; tordo; hornero; tero; garza blanca; tigueta; calandria; peún (tarrira); mojarra; anguila; cangrejo; bagre; sabalín. El jabalí y el carpincho se encuentran en deterioro por las prácticas de caza.
Colonia Hoker se encuentra a 2 km y ½ del arroyo Mármol y a 20 km de río Uruguay.
No hay explotación minera en la zona.
Comportamiento humano
No se han registrado problemas de agotamiento de suelo por prácticas socioproductivas de la población. La flora y la fauna nativa son altamente protegidas por el gobierno provincial y la palmera yatay se encuentra enmarcada dentro de normas de protección nacional. A la vez, se registran actividades de concientización sobre riesgos de contaminación. Desde la escuela y la junta de gobierno se desarrollan prácticas de reciclado de pilas y botellas.
Tratamiento de la basura
La basura se deposita y quemada a 15 km del ejido urbano de Colonia Hoker. Además, la población tiene un gran interés en aumentar el reciclado de basura, manifestando el deseo de comprar una prensa de botellas.
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