Leandro N. Alem posee características geográficas muy particulares y diferentes al resto de la provincia de San Luis, su territorio se encuentra surcado por ríos y sierras  lo cual genera el hábitat propicio para una gran variedad de especies.

En la zona serrana la flora se compone por un estrato arbóreo de más de veinte especies autóctonas que además de ser refugio de la avifauna del lugar también cumplen la función de  sostenedores del suelo serrano, evitando la erosión pluvial y eólica principal causa de aludes y aluviones en las faldas de las sierras.

En la zona urbana la flora está representada por especies exóticas tales como álamos, pinos, paraísos, eucaliptos, ligustros, entre otros.

Dentro de los árboles nativos, podemos encontrar los siguientes ejemplares:  el molle dulce (Lithraea melleoides), la chilca melosa (Flourencia campestris), el coco (Fagara coco), el molle colorado o morado (Schinus fasciculatus), el manzano de campo (Ruprechtia apetala) algarrobo blanco (Prosopis alba) y algarrobo negro (Prosopis nigra) el tintitaco, la tuzca, el garabato y los espinillos o aromos (Acacia caven) hay además chañares (Gourliea decortincans), tala (Celtis tala), quebracho blanco y colorado, brea, peje, jarilla y la palmera caranday.

Abundan en la zona serrana y en menos cantidad: la peperina (Bistropogun mollis), poleo (Lippea turbinata) manzanilla de la sierra o inca yuyo (Virginlae excelsis), yerba del pájaro (Hedeona multiflora).

En cuanto a la fauna, "el rey del bosque" (Pheuticus aureoventris) está seriamente amenazado de extinción, víctima del tráfico ilegal de aves y de la modificación de su hábitat natural. Se estima que En San Francisco del Monte de Oro y L.N. Alem solo en la temporada 2004-2005 se sacaron alrededor de 200 pichones. Vale aclarar que esta especie no saca más de 3 pichones por temporada. También hay zorzales, jilguero (Sicalis flaveola), benteveos (Pitangus sulphuratus), carpintero real (Colaptes melanochloros) y el carpintero gigante (Campepilus magellanicus) de origen patagónico, picaflor común, picaflor cometa, buitres y tero común (Vahellus chilensis). Habitan también esta zona la chuña (Chunga burmeisteri), el águila mora (Geranoaetus melanoleucus), el halconcito gris, chimangos, caranchos, el halcón peregrino, el milano blanco, patos silvestres, loros y palomas. Cabe destacar que existe una importante población de cóndores (Vultur gryphus) y lechuzas: "cabure", martín pescador, y también habita el monte el crespín entre otros.

En cuanto a los mamíferos, hay pumas (Felis concolor), gato del monte (Felis geoffroyi) gato guina o colorado, la comadreja overa (Didelphys albiventris), sacha cabra (Manzana guazoubira) único ciervo autóctono de la sierra, el zorro gris y el zorro colorado, la liebre criolla y común; jabalíes y pecarí, cuis  y el conejo de los palos.

Entre los reptiles, podemos encontrar culebras, víboras, lagartos y lagartijas entre ellos el lagarto overo (iguana) y la boa o lampalagua, ambas especies están amenazadas; existen 2 variedades de murciélagos incluyendo al vampiro (Desmodus roturdus); unas 5 especies de batracios entre ellos existe en la zona más alta de la sierra una ranita de vientre rojo y dorso amarillo con manchas negras.

Hay además una gran variedad de insectos e invertebrados.

Alem se encuentra en una zona de confluencia de ríos y vertientes que descienden de la montaña. Los distintos cruces que tiene el pueblo a las localidades vecinas por el camino viejo atraviesa varios badenes de ríos, rodeando al casco urbano con este paisaje.

El río La Majada desciende de las sierras y desemboca en el río San Francisco formando en su trayecto pozones y lagunas aptas para nadar que tienen como mínimo 1.20 m de profundidad. Su cauce va cambiando según la proximidad a este río teniendo en La Maroma un ancho de 30 m, en Las Parrillas 50 m y en Potrero de Leyes 80 m Si se camina río arriba se puede encontrar pozones, lagunas y saltos de mayor profundidad.

 El río San Francisco se conforma del río de La Estancia, que nace en las cercanías del Cerro Montura uniéndose en el valle con los ríos Claro o del Barrial, de La Curtiembre o Chacras y Juan Gómez, entre los cuales está la localidad de San Francisco y, finalmente, La Majada que se vierte al San Francisco frente a Leandro N. Alem. La dirección de este río es hacia el norte y su principal característica es la abundancia de piedras en su lecho. Divide la población de San Francisco en dos bandas (sur y norte) y recibe en su margen derecha los desagües que bajan de la sierra por las quebradas del Palmar y del Ramo, y el río Juan Gómez al noreste de San Francisco frente a los Chañares Largos.

Continúa el curso del San Francisco al norte y a 5 Km de este último lugar, recibe en Leandro N. Alem el río de La Majada, también llamado Los Corrales y sigue hasta unirse con los desagües del río Luján para terminar en los campos de las Chancaritas.  El San Francisco, desde su salida de la sierra hasta su terminación, tiene 60 Km de curso. Sus aguas son totalmente utilizadas para riego. En las nacientes de este río se hallan truchas arco iris.

La actividad minera de la provincia se caracteriza por producir minerales no metalíferos y rocas de aplicación. El cuarzo es el más explotado seguido por el feldespato, la sal y las arcillas rojas. Las rocas de aplicación, que predominan en las planicies del norte, son de fácil extracción y no requieren grandes inversiones de capital (mármol, granito, ónix, piedra laja, etc.). Otras actividades mineras importantes para la provincia son la explotación de yacimientos de sal y la producción de cementos.

Sin embargo en Leandro N. Alem no hay extracción minera y en el entorno, como es el caso de San Francisco, la minería es parte de los atractivos para el visitantes en el denominado “turismo minero”´ como son los casos de minas de oro “El Rincón” que ocupan una superficie de 30 x 60 m, conservándose aún cuatro taperas de piedra que servían de alojamiento para el personal. Existen siete túneles abiertos realizados verticalmente y tres túneles cerrados. Si bien se extraía oro, también puede observarse granito y hierro; Canteras de cuarzo “El Rincón” que eran muy importantes para la fabricación de vidrios y además el feldespato, empleados para la industria de la loza y sanitarios y mina "El Pilón" donde se extraía oro.

Comportamiento humano

Existe en Leandro N. Alem varias situaciones que atentan sobre los recursos naturales y la biodiversidad de este área, en el caso de la fauna debemos remarcar que la caza está vedada en todo el territorio de la provincia de San Luis y si bien esta práctica se encuentra penada legalmente  ocurren situaciones que derivan en la matanza de ciertas especies, este es el caso del puma, máximo depredador nativo de este ecosistema, en dicho por los pobladores y las autoridades del pueblo en ocasiones estos animales descienden de las sierras y se adentran en las fincas de la zona con la finalidad de alimentarse, en muchos caso el daño sobre las actividades ganaderas es tan grande que los mismo se ven obligados a salir de cacería para eliminar el riesgo de seguir perdiendo ejemplares que son el único sostén económico de los lugareños.

Cabe destacar que los ataques de pumas a especies domésticas, en especial los ovinos, se debe al crecimiento de las áreas urbanas sobre el hábitat natural de este felino.

A nivel provincial existe un protocolo a seguir a fin de evitar este desenlace, pero lamentablemente requiere de un seguimiento que los productores no están dispuestos a afrontar por lo cual no son denunciados dichos ataques lo que deriva en un desconocimiento sobre el estado actual de las poblaciones de pumas en toda la región.

Tráfico ilegal de  fauna: El rey del bosque, ave representativa de Leandro N. Alem, se encuentra en peligro de extinción por la caza indiscriminada a la cual se encuentra sometido, sumado a esto la tala del árbol nativo: Molle de Beber, ejemplar en donde esta ave confecciona su nido pone en riesgo la subsistencia de esta especie.

Tala de bosques nativos: los recientes emprendimientos inmobiliarios que se están desarrollando en la zona junto a Estancia Las Marías han deforestado grandes extensiones de bosques nativos.

Con respecto a las napas, la contaminación es histórica porque los pozos de los baños se encuentran cerca de los pozos de agua contaminándose las napas. Asimismo, debido al suelo árido, es necesario hacer pozos muy profundos para encontrar agua saludable y no en todos los casos se encuentra.

Tratamiento de la basura

A quince cuadras del centro de Alem se encuentra la manzana destinada para depositar los residuos sólidos urbanos que luego serán quemados a cielo abierto y posteriormente enterrado en el mismo sitio, cabe destacar que dicho predio se encuentra en la entrada principal del pueblo a la vera del río San Francisco, generando un foco de contaminación que puede ocasionar no solo lixiviados en las aguas subterráneas sino que además por su cercanía al río pueden provocar el ingreso de contaminantes a este curso de agua.

La recolección de residuos está a cargo del municipio el mismo se realiza dos veces por semana puerta a puerta.

Actualmente existe un proyecto impulsado por las autoridades locales de crear una planta recicladora en la localidad de La Candelaria, la que se estima, asistirá a todas las localidades de la zona.

Desastres naturales

El principal terremoto que sucedió en San Luis fue el 22 de mayo de 1936, y tuvo epicentro en San Francisco del Monte de Oro, Produjo daños considerables y algunos heridos, ya que en esa época no había construcciones antisísmicas y todas las casas eran de adobe.

La intensidad máxima estimada alcanzó los VIII grados en la escala Mercalli modificada y tuvo una magnitud de 6,0 grados en la escala de Richter.

Este fue el único episodio de esta naturaleza ocurrido en las cercanías de Leandro N. Alem.

En el pie de la sierra regularmente se producen incendios a veces ocasionados intencionalmente aunque es más frecuente que los pobladores lo generen con la quema del pasto con el objetivo de que brote verde para los animales, esto sumado a los fuertes vientos de la región, produce que se desarrollen grandes incendios que se propagan por las sierras.