La vegetación se caracteriza por estepas arbustivas bajas, con Nassauvia glomerulosa (colapiche), N. axillaris (uña de gato) y Chuquiraga avellanedae (quilembay), y arbustivo- graminosas medias, con Prosopis denudans (algarrobillo patagónico) y Lycium spp. (yaoyin), siendo la gramínea más común la Stipa humilis (coirón llama). Los mallines son escasos y salinos. En el fondo de los grandes bajos se desarrollan estepas arbustivas halófitas de Atriplex lampa (zampa). En los ambientes más húmedos se desarrollan cortaderales. Predominan los suelos areno-arcillosos, pobres y con un fuerte déficit hídrico (Aridisoles y Entisoles). La principal actividad es la ganadería ovina y caprina”.[1]

Según lo referido por un profesor de la escuela, conocedor de la zona, los animales originales del lugar son el guanaco, el avestruz, el zorro gris, el loro barranquero, la martineta, el pilquín (una especie de pequeña ardilla) y el piche, entre otros. Ya casi no se ven guanacos ni avestruces en la zona, lo que indica que han sido exterminados por la caza o desplazados por el cambio en las condiciones del medioambiente.

[1]Tomado de  http://www.inta.gov.ar/bariloche/ssd/rn/ae.htm

Respecto de los cursos de agua, en El Cuy y sus zonas aledañas no hay ríos ni arroyos. Sin embargo sí hay varias surgentes de agua (pozos naturales de donde emana el agua) que resulta apta para el consumo humano. De manera que si bien se trata de una zona árida, el pueblo se asienta sobre napas de agua potable.

Como gran parte de la zona, El Cuy sufre los efectos de la desertificación causada por un sobrepastoreo extendido en el tiempo. Esta desertificación no contribuye a aliviar las dificultades que hoy padecen los ganaderos de la región ante las sequías y la ceniza, que inhabilitan el crecimiento de las pasturas.