Según la información recabada por Mirta Zink y Marisa Moroni (pg.57), la vegetación original de la zona estaba compuesta por pastizales alternados con bosque de caldén. Estos pastizales fueron reemplazados por el cultivo de cereales, forrajeras y oleaginosas. El caldén sufrió una profunda explotación a principios de siglo, ya que su madera se utilizaba para postes, leña y varillas.
La actividad humana provocó grandes cambios al introducir la agricultura y la ganadería. Especies como el puma, el ñandú, el venado de las pampas, el guanaco, fueron desapareciendo para ser encontrados en su hábitat natural en muy pocos lugares.
Las especies de menor tamaño, han sido más adaptables a las transformaciones generadas por el hombre. Es así que, en las áreas rurales pueden verse mamíferos como la comadreja overa, el cuis, el zorro de las pampas, el peludo; aves como el sirirí, la gallareta, la martineta, el jilguero amarillo, el cardenal de copete rojo, el zorzal, etc.; reptiles como el lagarto overo, y anfibios.
Un comentario especial merece el “pichi ciego” es el más pequeño de los armadillos (7 a 11 cm de largo). Es de un color rosado, con pelos blancos en el vientre. Tiene hábitos nocturnos y vive bajo tierra. Es originario de la región centro-este del país y se encuentra en riesgo de extinción por el avance del hombre sobre los campos, especialmente por la agricultura, la desaparición de su hábitat y la predación por parte de perros domésticos. Se sabe tan poco de las características de este animal que es todo un misterio. En Alpachiri muy pocas personas lo han visto.
También pueden encontrarse especies foráneas que han sido introducidas por el ser humano como la liebre europea, el jabalí, el ciervo colorado y el gorrión común.

Ejemplar de jabalí

Debido a las características del terreno en la zona existen bajos que son cubiertos con agua de lluvia o agua de origen subterráneo. Muchas de estas lagunas son temporarias y desaparecen en épocas de sequías como ocurrió con la laguna San José. La laguna La Amarga reduce mucho su caudal, pero debido a su gran extensión no llega a secarse. No hay ríos ni arroyos en la zona. En cuanto al agua subterránea, se encuentra a menos de 20 m de profundidad. Los análisis del agua de pozo realizados en el año 1987 dieron como resultado niveles altos de sulfatos, salinidad y flúor.

De la laguna “La Amarga” se extraía, hasta hace unos pocos años, sulfato de sodio, que era procesado en Guatraché. Actualmente no hay actividad minera en la zona de Alpachiri.

Comportamiento humano
La vegetación natural sufrió una profunda transformación por acción del hombre a través de los cultivos, del pastoreo, la tala indiscriminada y la instalación de las ciudades. Lo mismo ocurrió con las especies animales. Por otra parte, el uso intensivo de la tierra para cultivos desde hace más de un siglo está provocando un notable agotamiento del recurso.

Tratamiento de la basura
El servicio de recolección de residuos domiciliarios depende de la municipalidad y se realiza con una frecuencia de tres veces por semana. El basurero se encuentra a una distancia mayor de 500 m de la última manzana habitada. La basura queda depositada a cielo abierto y posteriormente es quemada.

Desastres Naturales
Los registros de lluvias en la zona siempre han fluctuado, por lo general se registra un promedio de 600 mm anuales, pero en el año 2009 la zona sufrió una terrible sequía que generó grandes pérdidas para el sector. Según estimaciones de la ingeniera agrónoma del INTA de Guatraché, Laura Paredes, en el sector agropecuario hubo pérdidas en un 50% de la producción. Muchos chacareros llegaban a regalar las vacas para salvarlas de una muerte segura. A la sequía se sumaron fuertes vientos que agravaron aún más la situación. “muchas familias de productores o de trabajadores del sector terminaron abandonando la actividad… ”